Фамилия Вишонкина — женская форма фамилии Вишонкин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Вишонка, которое, скорее всего, образовано от слова «вишня» или «вишенье». В русских говорах «вишонка» могло означать либо маленькую вишню, либо человека, связанного с вишнёвым садом — садовода или торговца ягодами. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную форму: так могли назвать невысокого человека, ребёнка или того, кого хотели назвать ласково.

Модель образования проста: к основе Вишон- добавился суффикс -ин, обозначающий принадлежность («чей сын?» — Вишонкин). Такие фамилии типичны для центральной России и Поволжья, где активно бытовали прозвища от названий растений. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, фамилии на -ин могли образовываться и от прозвищ матери, если женщина была главой семьи или имела заметное ремесло.

Спорных версий у фамилии немного. Можно предположить, что в основе лежит диалектное слово «вишонка» — разновидность вишнёвой наливки или браги, но это менее вероятно: прозвища по напиткам обычно давались горьким пьяницам или бражникам, а таких фамилий (вроде Вишонкин) почти не встречается в исторических документах. Скорее всего, предок носителя фамилии был садоводом, либо жил в местности, известной вишнёвыми садами, либо просто имел прозвище за любовь к этой ягоде.

Встречаемость фамилии невысокая, она зафиксирована преимущественно в Пензенской и Нижегородской областях, что косвенно подтверждает её связь с регионами традиционного садоводства. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «е» — Вишенкин, что отражает местный говор (ёканье или иканье). В XX веке написание закрепилось через «о» в первом слоге, что даёт редкий для русских фамилий случай, когда ударение падает на второй слог — Вишóнкина.