Фамилия Вискалин — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с характером или манерой поведения. Корень здесь — «виска́ть», диалектный глагол, который в разных говорах означал «визжать, плакать, скулить» или, наоборот, «быстро, суетливо двигаться, юлить». Человека, который постоянно ныл, капризничал или, напротив, был непоседливым и вертлявым, в народе могли прозвать Виска́лой. От этого прозвища через суффикс -ин и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Вискалы» или «из рода Вискалы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я (как Пушкин, Репин, Гагарин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу с твёрдой конечной согласной, -ин закрепился за более «мягкой» основой.

Встречаются и другие версии, но они менее убедительны. Например, связь с рекой Виска (такое название есть в бассейне Печоры) — возможна, но маловероятна: топонимические фамилии на -ин обычно образуются напрямую от названия (Вискин, Висков), а не через промежуточную форму «Вискала». Ещё реже фамилию пытаются вывести из литовского «viskas» («всё») — это уже лингвистическая натяжка, так как слово не образует прозвищ в русской среде.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. Именно в северных говорах глагол «вискать» был особенно живуч. Носители фамилии чаще всего были крестьянами или посадскими людьми: прозвище, данное по поведению, не указывало на сословие, а лишь закрепляло за человеком бытовую характеристику, которая со временем стала фамильным именем.