Фамилия Владыженский — одна из тех, что сразу выдают связь с церковной или властной иерархией. Её основа — слово «владыка»: в Древней Руси так называли и правителя (князя, государя), и архиерея (епископа, митрополита). Но фамилия образована не напрямую от этого слова, а через притяжательное прилагательное «владыжен» — «принадлежащий владыке». Суффикс -ский указывает на территориальную или сословную принадлежность: Владыженский — это либо «выходец из села Владыжье», либо «человек из людей владыки», то есть из его слуг, крестьян или двора.

Такая модель типична для русского дворянства и духовенства XVIII–XIX веков. Если фамилия возникла как прозвище по месту жительства, то на карте России и Украины встречались сёла с названием Владыжье (например, в бывшей Рязанской губернии и на Черниговщине). Житель такого села получал прозвище Владыженский — «тот, кто из Владыжья». Если же фамилия пошла от социального статуса, то предок мог быть «владыченским» крестьянином или дворовым, то есть принадлежащим архиерейскому дому.

Интересная деталь: в русской ономастике фамилия Владыженский стоит в одном ряду с такими, как Владыкин, Владычнев, Владыченский. Но суффикс -ский здесь не случаен. Он характерен для фамилий, которые оформлялись в среде духовенства и мелкопоместного дворянства, — в отличие от простонародных -ов и -ин. Поэтому можно предположить, что носители фамилии в большинстве своём происходили не из крепостных крестьян, а из людей, так или иначе связанных с церковным управлением или служивших при архиерейских подворьях.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Влады́женский, хотя в разговорной речи встречается и вариант с ударением на третий. Это не ошибка, а следствие того, что фамилия книжная, а не народная: её могли «выравнивать» по образцу других прилагательных на -енский.

Точных сведений о древности фамилии мало. В документах XVII–XVIII веков она не частотна, что косвенно подтверждает её относительно позднее происхождение — скорее всего, не ранее середины XVIII столетия, когда фамилии активно давали выпускникам духовных семинарий. Если предок учился в семинарии, ему могли «присвоить» фамилию Владыженский по названию родного села или по должности отца, служившего при владыке.