Фамилия Владыженская — женская форма от Владыженский, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ский (в женском роде -ская) — один из самых распространённых признаков дворянских и шляхетских фамилий в Российской империи. Такие фамилии часто указывали на географическую привязку: владельца поместья или выходца из определённой местности. Владыженский, скорее всего, образован от названия села или усадьбы Владыжное или Владыжня. Корень здесь — «владыка», то есть господин, правитель, властелин. В церковном контексте владыкой называли архиерея или митрополита, а в бытовом — любого полновластного хозяина.

Самый вероятный сценарий происхождения: предок носителя фамилии владел землёй, на которой стояло село Владыжное, или же он сам был выходцем из такого села. Название поселения могло возникнуть потому, что земли принадлежали архиерейскому дому (владыке) или местному богатому помещику, которого в народе прозвали Владыкой. В русских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются деревни с похожими названиями, например Владыкино, Владычня — все они тяготеют к центральным и северным губерниям.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в основном носили крестьяне и посадские, Владыженский — фамилия с ярко выраженным «служилым» оттенком. Она могла принадлежать мелкопоместным дворянам, которые получили фамилию по своему поместью. В родословных книгах XIX века встречаются Владыженские — например, в Тверской губернии. Известен случай, когда в середине XVIII века поручик Иван Владыженский владел имением в Бежецком уезде. Это не громкая аристократическая фамилия, а скорее местная, уездная, что типично для русского провинциального дворянства.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию пытаются связать напрямую с церковным титулом «владыка» — мол, предок был сыном архиерея. Но это маловероятно: православное духовенство в массе своей не имело наследственных фамилий до XVIII века, а если и брало, то чаще от названий храмов (Рождественский, Успенский) или от семинарских прозвищ. Владыженский — явно владельческая, поместная фамилия, а не «семинарская». Поэтому основная версия — географическая: от названия села, где жил или которым владел основатель рода.