Фамилия Вненко — один из тех случаев, где исходное слово почти исчезло из языка, но оставило след в прозвище. Основа здесь — «вна» или «вно». В древнерусском и украинском языках «вно» означало «вонь», «зловоние», а «вня» — «вонючий». Прозвище Вня или Вно могли дать человеку с неопрятным запахом, либо просто нечистоплотному. Украинский суффикс -енко («маленький», «сын») указывает, что фамилия сформировалась на территории современной Украины или юга России, где этот патронимический формант был основным. Таким образом, Вненко — буквально «сын Вни», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Вторая версия, менее очевидная, связывает корень с глаголом «внять» — «услышать», «внимать». В этом случае прозвище Вня мог получить человек с хорошим слухом или тот, к кому прислушивались. Однако такая трактовка спорна: в живой речи прилагательное от «внять» не образовывалось, а прозвища редко строятся на абстрактных действиях. Правдоподобнее всё же первая, «обонятельная» версия.

Географически фамилия редкая. Она не встречается в больших количествах ни в одной из областей, но основное ядро носителей — на востоке Украины (Сумская, Полтавская области) и в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). В списках казацких реестров XVII века подобных прозвищ не зафиксировано — скорее всего, фамилия возникла позже, в среде крестьян или мещан, не попавших в ранние переписи.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что суффикс -енко присоединён напрямую к корню, без промежуточного суффикса прилагательного. Это типично для украинской модели: ср. Коваленко (от коваль), Гончаренко, но реже — для односложных основ. Вненко стоит в одном ряду с такими же краткими образованиями, как Дзенко (от дзень — звук) или Мченко (от мчати — спешить).