Фамилия Водоморина — женская форма фамилии Водоморин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин (-а) типична для русского Севера и Поволжья: так образовывали фамилии от слов, оканчивающихся на -а, -я. Здесь основа — прозвище Водомор, что сразу указывает на связь с водой и мором.

Самая прямая версия: прозвище Водомор могли дать человеку, который занимался вымораживанием воды. В северных реках и озёрах существовал зимний промысел: рыбаки и охотники прорубали лёд, чтобы добывать рыбу или бить зверя у полыньи. Работа эта была опасной, требовала выносливости и часто сопровождалась простудой — «мором от воды». В говорах слово «мор» означало не только массовую гибель, но и изнурительную болезнь, ломоту. Так что Водомор — это либо человек, постоянно мёрзнущий у воды, либо, наоборот, тот, кто «морил» воду, то есть добывал её из-подо льда.

Есть и вторая, менее очевидная версия: корень «мор» мог относиться к цвету. В диалектах «морый» — тёмный, бурый, цвета морёного дуба. Водомором тогда называли человека с тёмными, как вода в омуте, волосами или глазами. Но эта гипотеза слабее — прилагательное «морый» редко встречается в прозвищах, а вот связка «вода + морить» (губить, вымораживать) даёт более конкретный и бытовой образ.

Фамилия встречается в основном в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — то есть в зоне традиционного промыслового рыболовства и суровых зим. Носители фамилии Водоморины, скорее всего, происходят из поморских или вятских крестьян, чьи предки кормились рекой и озером. Сословных привилегий у них не было: это не дворянская, а чисто народная, «географическая» фамилия, образованная от прозвища по занятию или месту.

В написании возможны варианты: Водоморин/Водоморина, реже — Водоморов/Водоморова (с суффиксом -ов). Но форма на -ин исторически точнее, так как прозвище Водомор оканчивается на твёрдый согласный, и в северных говорах предпочитали именно этот суффикс.