Фамилия Водоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант -енко в украинской ономастике — самый распространённый патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок» (аналогично русскому -ов/-ев). Поэтому Водоненко — это буквально «сын Водона» или «потомок Водона». Вопрос упирается в то, что такое «Водон».

Самая очевидная версия — прозвище или имя Водон, образованное от слова «вода». Но здесь есть тонкость. Прямое прозвище «Вода» давали людям, чья жизнь была связана с водой: водовозам, рыбакам, лодочникам, паромщикам, либо тем, кто жил у реки или озера. Однако суффикс -он в прозвищах встречается нечасто. Он мог придавать слову оттенок увеличительности или просто служить для образования прозвища по характерному признаку (как, например, Горбон, Лобан). То есть Водон — это человек, которого «вода» чем-то выделяла: либо он постоянно мокрый, либо, наоборот, настойчиво избегает воды, либо его ремесло — доставка воды.

Вторая, более спорная версия, связывает фамилию с диалектным или устаревшим словом. В некоторых говорах «водон» могло означать нечто иное, например, вид водяного колеса или часть мельничного механизма. В таком случае предок был мельником или мастером по водяным двигателям. Эта гипотеза менее вероятна, потому что подобные термины обычно оставались в названиях профессий (Мельник, Млынар), а не превращались в личные прозвища.

Географически фамилия Водоненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. Это зона максимальной плотности фамилий на -енко. В России она встречается реже, чаще всего в регионах, куда переселялись украинцы (Кубань, Юг России, Сибирь). Сословно, как и подавляющее большинство фамилий на -енко, Водоненко — это фамилия крестьянская, казацкая или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Таким образом, носитель фамилии Водоненко почти наверняка потомок человека, которого в XVII–XVIII веках прозвали Водоном за связь с водой — ремеслом, местом жительства или внешней особенностью.