Фамилия Волковницкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Вопреки первому впечатлению, её основа — не прямой предок-волк, а название населённого пункта. Формант -ск- и окончание -ая выдают типичную польскую или западнорусскую модель дворянской фамилии, указывающую на владение или происхождение из места с корнем «Волков-».

Скорее всего, перед нами вариант фамилии Волковницкий, перешедший в женский род. Мужская форма восходит к названию села Волковницы или Волковня. Такие топонимы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси, Украины или восточной Польши. Например, деревня Волковня есть в Гродненской области, а Волковцы — на Волыни. Человек, переехавший оттуда, получал прозвание Волковницкий («из Волковни»), и оно закреплялось за потомками как фамилия.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию напрямую с прозвищем Волковник. В древнерусских говорах так могли называть охотника на волков, пастуха, который защищал стадо от хищников, или даже человека с волчьим характером. Тогда Волковницкий — это «сын Волковника». Однако суффикс -ск- в этой модели встречается реже, чем -ов/-ев, что делает топонимическое объяснение более убедительным.

В написании «Волковницкая» сохранился отчётливый след женского рода, что характерно для фамилий польского и украинского происхождения, где форма менялась по родам (Волковницкий — Волковницкая). В русской традиции такие фамилии часто унифицировали в мужском роде, но данный вариант остался нетронутым, что может говорить о поздней фиксации или о сохранении исходной региональной нормы.