Фамилия Вондрачек — одна из тех, что сразу выдают чешское происхождение носителя. Её основа — имя Вондра (Vondra), которое на русский язык часто переводят как «любовь женщины». Скорее всего, это нежное прозвище давали долгожданному ребёнку, особенно если он родился в семье, где долго не было детей.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к имени Вондрач (Vondráč) добавили уменьшительный суффикс -ек. В чешском языке такие суффиксы не просто уменьшали, а указывали на родство — буквально Вондрачек означало «сын Вондрача» или «маленький Вондра». Со временем суффикс утратил прямое значение и закрепился в фамилии, как это произошло со многими чешскими фамилиями на -ек (ср. Новотный, Гавличка).

История фиксации фамилии уходит в XVIII век. В 1780 году император Йозеф II узаконил обязательное использование родовых имён для всех подданных — главным образом, чтобы упорядочить сбор налогов. До этого чехи обходились одним именем и прозвищем, но с ростом бюрократии этого стало недостаточно. Фамилии горожан и крестьян формировались по-разному: в городах их часто давали по названию дома («У золотой змеи», «У чёрной Богоматери»), а в деревнях — по имени отца или роду занятий. Дворяне, в отличие от простолюдинов, закрепили за собой фамилии гораздо раньше — например, род Чернинов известен с XI века, а их фамилии сразу указывали на происхождение и владения.

Среди носителей фамилии Вондрачек есть заметная фигура — Волф Вондрачек, чешский поэт, беллетрист и критик. Его творчество приходится на рубеж XIX–XX веков, что подтверждает давнюю укоренённость фамилии в чешской культурной среде.