Фамилия Вондракова — редкий для России случай, когда женская форма фамилии стала исходной для целого рода. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от мужских прозвищ или имён (Иван → Иванов), но здесь в основе лежит женское имя или прозвище Вондрака. Это и есть главная необычность: фамилия не «выдаёт» мужского предка по отчеству, а фиксирует женское имя, что встречается значительно реже и указывает на возможное происхождение от матери-одиночки, вдовы или женщины, чей статус в общине был выше обычного.

Само имя Вондрака — западнославянского происхождения. Это уменьшительно-ласкательная форма от женского варианта имени Андрей, которое у чехов, словаков и поляков звучит как Ондра, Вондра (Ondřej). Суффикс -ка в славянских языках часто образовывал бытовые имена: Вондрак — «маленькая Вондра», «дочка Вондры». Таким образом, Вондракова буквально означает «принадлежащая Вондраке» или «из семьи Вондраки». Чешский след здесь прослеживается чётко: в Чехии фамилия Vondráková — одна из самых распространённых, а в России она могла появиться через переселенцев, ссыльных или контакты с западными соседями.

Географически Вондраковы в России тяготеют к юго-западным регионам — Брянской, Смоленской областям, а также к Сибири, куда в XIX веке ссылали участников польских восстаний. Носители фамилии могли быть потомками чешских колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали осваивать земли Новороссии и Крыма, или выходцами из Галиции. Версия о польском происхождении тоже правдоподобна: в польском языке есть слово wondra — «бродяга», но для фамилии оно менее вероятно, так как суффикс -к- в основе скорее указывает на личное имя, чем на прозвище.

В словообразовании фамилии нет суффикса -ов в его обычной отчественной функции: здесь -ов- присоединяется к основе Вондрак-, которая сама уже содержит уменьшительный суффикс. Такая двухступенчатая модель (женское имя → уменьшительное → фамилия) сближает Вондракову с фамилиями вроде Машкова или Катькова, но с той разницей, что исходное имя не общеупотребительное, а диалектное, западное.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Вондрак — без суффикса -ов, прямая мужская форма, которая в Чехии встречается чаще. В России Вондракова могла возникнуть независимо от мужского варианта: по документам женщина могла быть записана как Вондракова, и её дети наследовали именно эту форму. В любом случае, фамилия указывает на предка-славянина с западных окраин, имя которого редуцировалось до ласкового прозвища, а затем закрепилось за родом.