Фамилия Вонкин — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с тем, что приходит в голову в первую очередь. Несмотря на созвучие с просторечным глаголом «вонять», ономастика предлагает куда более прозаичное и логичное объяснение: фамилия образована от уменьшительной формы крестильного имени Иван.

Модель образования здесь классическая для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — Вонька, сын Вонькин. Имя Воня, Вонька в старину было вполне обычным производным от Иван (через формы Ваня, Ванька, а далее — по аналогии с фонетическими переходами: Ванька → Вонька). Такая замена гласного в безударном положении — не редкость в живой речи. Таким образом, Вонкин — это буквально «потомок Вони», то есть Ивана.

Версия о происхождении от прозвища Воня, данного за неопрятность или резкий запах, тоже имеет право на существование, но она менее вероятна. Прозвища с негативной окраской действительно давали, но они реже ложились в основу фамилий, особенно в среде крестьян и духовенства, где предпочитали нейтральные или церковные имена. К тому же, суффикс -ин в сочетании с корнем «вонь» мог бы дать форму Вонин, а не Вонкин — здесь как раз видна уменьшительная основа «Воньк-а».

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её «ивановское» происхождение: именно там уменьшительные формы на -к- были особенно распространены. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «от имени Иван → Вонька → Вонкин» описывается как типовая для так называемых «полуотчеств», которые застыли в виде фамилий.

Если ваши предки носили фамилию Вонкин, скорее всего, они были потомками обычного крестьянина или ремесленника по имени Иван, которого в быту звали ласково или сокращённо Воней. Никакой связи с неприятным запахом история фамилии не держит — это случайное звуковое совпадение.