Фамилия Ворафских — редкий пример «застывшей» формы родительного падежа множественного числа, типичной для северных и сибирских говоров. Суффикс -ских (или -их, -ых) указывает, что фамилия возникла в среде, где на вопрос «чьи вы?» отвечали: «Ворафских», то есть из семьи или рода Ворафских. Такая модель характерна для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках в Поморье, на Урале и в Сибири, где патронимические прозвища на -ских вытесняли более распространённые центральные формы на -ов.

Основа «Вораф-» — тёмная и неочевидная. Наиболее вероятная версия: искажённое или диалектное произношение слова «воровской». В северных говорах оглушение «в» перед глухим согласным давало «ф»: «воровской» могло звучать как «ворафской». Тогда фамилия Ворафских — это прозвище, данное либо человеку, имевшему отношение к воровству (не обязательно преступнику — могли так назвать подозрительного, хитрого), либо жителю «воровского» места, например, урочища с недоброй славой. Менее вероятно, но не исключено, что основа восходит к личному имени Вораф (возможно, вариант Варфоломея или редкого славянского имени), но письменных подтверждений такой форме нет.

Географически фамилия Ворафских, судя по современным базам, встречается в основном на Урале и в Западной Сибири — в Свердловской, Тюменской областях. Это подтверждает её связь с северорусскими говорами: именно в этих регионах фамилии на -ских сохранились лучше, чем в центральной России, где их часто заменяли на -ов или -ин.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт немного: Воровских, Воровский, Ворафьев — все они редки и, скорее всего, восходят к тому же корню «вор». Но Ворафских стоит особняком из-за нестандартного перехода «в» в «ф», который мог возникнуть под влиянием местного произношения или при записи фамилии малограмотным писцом на слух.

Таким образом, фамилия Ворафских — это прозвищная фамилия с неясной, но, скорее всего, неблагозвучной основой, застывшая в архаичной грамматической форме. Её носители — потомки выходцев из северных областей России, где такие фамилии были нормой.