Фамилия Вошуновы (в форме Вошунов) образована от прозвища Вошун. Самая прямая версия связывает прозвище с нарицательным «вошь». В крестьянской среде, где гигиена была делом непростым, а вши — обычным делом, такое прозвище могло даваться по заметной внешней особенности или как бытовое, «предохранительное» имя: считалось, что назвав ребёнка Вошуном, родители отвратят от него настоящую напасть.

Вторая версия отталкивается от глагола «вошкать» — возиться, копаться, мешкать. Здесь прозвище Вошун получал человек неторопливый, суетливый или дотошный, который делал всё обстоятельно, но не быстро. Такое прозвище закреплялось за человеком как основное бытовое именование, а со временем перешло в фамилию: сын Вошуна становился Вошуновым.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Вошунов, то есть принадлежащий Вошуну. Фамилия закрепилась в формах, характерных для центральных и северных областей России, где прозвища от насекомых и бытовых реалий встречались чаще, чем в южных регионах. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Вошуновы можно только после серьёзных генеалогических изысканий, но её основа — живое народное слово, а не книжное или церковное имя.