Фамилия Вовакина — женская форма, а её мужской вариант, Вовакин, встречается реже. Сама фамилия редкая и интересна тем, что её основа — нестандартное для русской ономастики слово. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать суффикс.

Модель образования указывает на суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а, -я: «чей?» — Вовин, Петин, Кузьмин. Но здесь основа удлинена за счёт элемента -ак-: Вовак-ин. Такое удлинение — характерный признак прозвищного происхождения. В русских говорах суффикс -ак (-як) часто придавал слову оттенок просторечия, уменьшительности или принадлежности к какой-либо группе: «вожак», «простак», «смельчак». В основе лежит личное имя Вова — разговорная форма от Владимир. Получается, что Вовак — это то же, что и Вова, но с просторечным, «свойским» оттенком. Так могли называть ребёнка или взрослого в неформальной обстановке, а затем это прозвище закрепилось как фамилия.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых южных и западных говорах слово «вовакать» означало «кричать», «вопить», «плакать». Если так, то прозвище Вовак могли дать человеку крикливому, шумному или, наоборот, тому, кто постоянно звал кого-то (от глагола «вовать» — звать). Однако эта версия уступает первой по распространённости: связь с именем Владимир прослеживается надёжнее, а суффикс -ак в прозвищах от личных имён — явление типичное.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий и не имеет ярко выраженного регионального центра. Скорее всего, это фамилия, возникшая в одной или нескольких крестьянских семьях, где прозвище Вовак приросло к потомкам. Сословно предки, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянской среде такие просторечные формы на -ак не приживались.

Интересно, что в отличие от фамилий Вовин или Вовкин, где суффикс стоит сразу после корня, Вовакин сохранил архаичную модель прозвища с полным суффиксом -ак. Это делает фамилию своеобразным языковым «снимком»: она показывает, как в живой речи XIX века могли образовывать ласкательные или фамильярные варианты имён, которые потом становились официальными фамилиями.