Фамилия Вовияникова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах раньше мужской, или, что вероятнее, сама фамилия изначально образована от прозвища, которое звучало как «Вовиян». Основа здесь — разговорный вариант крестильного имени Вовиян, которое восходит к латинскому Vovianus (от vovere — «давать обет»). В святцах это имя встречается крайне редко, в основном в южнославянской и греческой традиции, что сразу указывает на возможную географическую привязку: носители фамилии могли происходить из семей старообрядцев или переселенцев с юга России, где такие имена бытовали дольше.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — «жена или дочь Вовияна». Но интереснее другое: фамилия могла возникнуть не от прямого имени, а от прозвища Вовиян, которое давали человеку с пышной, «обетной» речью или тому, кто часто клялся. В говорах Поволжья и Западной Сибири фиксировалась форма «вовикать» — говорить невнятно, бормотать, и если допустить, что «Вовияник» — это человек, который «вовикает», то фамилия получает бытовую, а не церковную основу.

Мужской вариант — Вовияников — в современных справочниках не зафиксирован как распространённый, что делает фамилию уникальной по редкости. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена в Московской области и Краснодарском крае, что косвенно подтверждает версию о переселенческом происхождении. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования на -яник встречаются эпизодически и чаще связаны с украинским или белорусским влиянием, где суффикс -яник уменьшительно-ласкательный. Таким образом, Вовияникова могла быть и «маленьким Вовием», то есть младшим сыном в семье, чьё прозвище со временем стало фамильным.

Сословная принадлежность неясна: фамилия не дворянская, не купеческая, скорее всего, крестьянская или мещанская, но из-за редкости точных данных об этом говорить сложно. Единственное, что можно утверждать с высокой вероятностью: в основе лежит личное имя или прозвище, а не название ремесла или места.