Фамилия Вовняников — один из тех случаев, когда географический акцент слышен уже в окончании. Суффикс -ов типичен для центральной России, но вот сама основа выдает южное или украинское происхождение. В русском языке слово «вовна» не употребляется, зато в украинском, белорусском и южнорусских говорах (особенно курских, воронежских, ростовских) «вовна» означает шерсть. Соответственно, Вовняников — это «шерстяник», то есть человек, связанный с обработкой шерсти: валяльщик, чесальщик, торговец шерстью или, что вероятнее, скорняк.

Интересна словообразовательная цепочка. Сначала возникло прозвище Вовняник — так называли мастера по шерсти. Затем, по модели «чей сын?», к основе добавили суффикс -ов, и получилась фамилия Вовняников. Полная форма на -ов здесь не редкость: в южных регионах, где фамилии на -енко были массовыми, именно вариант на -ов нередко закреплялся за выходцами из крестьян, которые переселялись севернее или попадали в ревизские сказки центральных губерний.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «вовнять» (в диалектах — вникать, входить в дело). Но в таком случае фамилия имела бы значение «вдумчивый, дотошный человек». Однако ремесленная трактовка выглядит убедительнее: шерстяной промысел был массовым, а прозвища по занятию — одним из главных источников русских фамилий.

Сравните с однокоренными: Вовнянко, Вовняк, Вовнянский. Все они держатся в пределах украинско-белорусского ареала. Фамилия Вовняников встречается реже — в основном в Ростовской области, Краснодарском крае, а также среди потомков переселенцев с Украины в Сибири. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в записях о крестьянах и мещанах, реже — о казаках. Дворянского корня у неё нет: слишком прозрачная ремесленная основа.