Фамилия Вовненко — типичный пример украинской модели образования фамилий. Её основа — прозвище Вовна, восходящее к украинскому слову «вовна», что означает «шерсть». Суффикс -енко здесь указывает на происхождение: «сын Вовны» или потомок человека с таким прозвищем. Эта модель широко распространена на востоке и в центре Украины, поэтому фамилия Вовненко чаще всего встречается именно в этих регионах.

Прозвище Вовна могло закрепиться за предком по двум причинам. Первая и наиболее вероятная — профессиональная. Вовной называли шерстобита, прядильщика или торговца шерстью. Шерстобиты особым смычком пушили и взбивали шерсть перед прядением или валянием — ремесло было заметным и давало прозвище по инструменту и материалу. Вторая версия — внешняя: прозвище могли дать человеку с густыми, пышными волосами, похожими на шерсть. Оба объяснения правдоподобны, но профессиональное происхождение встречается в таких фамилиях чаще.

Интересная деталь: в русском языке слово «вовна» не используется, а в украинском оно общеупотребительно. Это сразу указывает на южнорусские или украинские корни рода. В документах XIX века фамилия могла писаться через «о» (Вовненко) или, под влиянием русской орфографии, через «а» (Вавненко), но исходная форма — с «о». Сравните с однокоренными фамилиями: Вовнянко (с другим суффиксом), Вовк (волк — другое животное, но тоже украинская модель) или Шерстобитов (русский аналог по профессии). Вовненко — более редкий вариант, сохранивший прямую связь с материалом, а не с инструментом или действием.

Сословной принадлежности по фамилии определить нельзя: Вовненко могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Прозвище не указывает на дворянство или духовенство, но и не говорит о низком статусе — ремесленники в Малороссии составляли значительную часть населения.