Фамилия Вовниченко — характерный пример украинской модели образования фамилий с помощью патронимического суффикса -енко. В буквальном смысле она означает «сын Вовнинки» или «потомок Вовнинки». То есть в основе фамилии лежит не крестильное имя, а прозвище Вовнинка, которое со временем закрепилось за родом и перешло в наследственное именование.

Прозвище Вовнинка восходит к украинскому слову «вовна» — шерсть. Скорее всего, это профессиональное прозвище: основатель рода мог торговать шерстью, заниматься прядением или быть шерстобитом — мастером, который особым смычком пушил и взбивал шерсть перед прядением или валянием. В украинских сёлах шерстобит был заметной фигурой, и его ремесло часто давало прозвище, которое затем переходило в фамилию.

Менее вероятно, что Вовнинка отражало внешность — например, густые или курчавые волосы, похожие на шерсть. Такое объяснение возможно, но профессиональная версия выглядит убедительнее: прозвища по роду занятий в украинской среде встречались чаще, чем по случайному сходству.

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывал на сына или младшего родственника человека, названного в основе. В XVI–XVII веках такие фамилии активно формировались у казаков и крестьян Левобережной Украины, поэтому Вовниченко — типичная фамилия для Полтавщины, Черниговщины или Слобожанщины. Встречается она и сейчас, но не повсеместно, а сконцентрирована в центральных и восточных областях Украины.

В русском языке фамилия сохранила украинское произношение и написание. Иногда её путают с фамилией Вовченко, но это разные основы: Вовченко происходит от имени или прозвища Вовк (волк), а Вовниченко — от «вовна» (шерсть). Разница в одной букве меняет смысл корня.