Фамилия Войнатовская — женская форма фамилии Войнатовский, а та, в свою очередь, образована от названия населённого пункта. В основе лежит корень «войн-», но не стоит сразу думать о войне. Скорее всего, речь идёт о польском или западнорусском селе с названием вроде Войнатово, Войнатовичи или Войнаты. Такие топонимы встречаются на территории современных Польши, Беларуси и Украины. Название села, в свою очередь, могло произойти от прозвища или имени Войнат — производного от Войцех (аналог Адальберт) либо от старопольского «woj» (воин, вождь дружины). Второй вариант: основа от «война» (борьба, военный поход), но в значении не фамилии, а прозвища драчуна или служилого человека.

Типичный суффикс -овск-/-евск- с окончанием -ая — верный признак шляхетского или дворянского происхождения. В Речи Посполитой такие фамилии на -ский/-цкий носили сначала землевладельцы, владевшие поместьем с соответствующим названием. Позже модель распространилась на более широкие слои, но первоначально Войнатовский — это «тот, кто из Войнатова». В Российской империи после разделов Польши фамилию могли получить и крестьяне, переселившиеся из этих мест, но в документах она сохраняла «дворянское» звучание.

Анализируем словообразовательную модель. Фамилия не на -ов или -ин, что типично для великорусских крестьянских фамилий, а на -ский — это маркер западного влияния. Войнатовская — редкий случай, где основа не даёт однозначной бытовой расшифровки («сын кузнеца» или «сын Ивана»), а отсылает к географии. Поэтому для носительницы фамилии ключевой вопрос — не «чем занимался предок», а «откуда он пришёл». Если искать аналоги, то это та же модель, что у фамилий Заболоцкая, Острогорская или Городецкая: все они указывают на конкретное место.

В написании встречаются варианты Войнатовская (с буквой «о» после «в») и, реже, Войнатовска (в польской традиции). Встречаемость фамилии в современной России невысока, она сосредоточена в регионах, куда в XIX веке переселялись выходцы из западных губерний: Сибирь, Урал, Дальний Восток. В Польше фамилия Wojnatowski встречается чаще, но тоже не массово.