Фамилия Войнатовский — типичный пример польской или западнорусской фамилии, образованной по модели «основа + суффикс -овский/-евский». В польской ономастике этот суффикс указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в реальности его носили и крестьяне, и мещане — всё зависело от того, кому принадлежало поместье или село, от которого взяли фамилию.

Корень фамилии — «Войнат» или «Войнато». Скорее всего, это прозвище или производное от старопольского имени Wojnat, которое восходит к основе «вой-» (от «воин» или «война»). В польских говорах «wojnat» могло означать человека воинственного, драчливого или просто того, кто служил в войске. Менее вероятная версия — связь с литовским словом vaina (борьба, война), что указывает на балтский след в фамилии, но для южных и восточных земель Речи Посполитой это скорее исключение.

Суффикс -овский приращивали к названиям населённых пунктов. В Польше, Беларуси и на Западной Украине есть несколько мест с названиями вроде Войнатово, Войнатовичи или Войнатовка. Самый известный топоним — село Войнатово в бывшем Галицком воеводстве (сейчас Ивано-Франковская область Украины). Человек, переехавший оттуда, получал прозвище «Войнатовский» — то есть «из Войнатова». Такая модель была особенно распространена среди мелкой шляхты, которая часто называла себя по имени усадьбы или хутора.

В Российской империи фамилия Войнатовский встречалась в основном на территориях, отошедших после разделов Польши: в Волынской, Подольской, Минской и Гродненской губерниях. В XIX веке носители фамилии фиксировались как среди православных, так и среди католиков, что говорит о смешанном этническом происхождении — поляки, белорусы, украинцы.

Отдельно стоит сказать об ударении. В русском языке фамилию часто произносят с ударением на второй слог: Война́товский. В польском оригинале ударение падает на предпоследний слог: Войнато́вски. Разница в произношении — один из маркеров того, как фамилия адаптировалась в разных языковых средах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Войнаровский, Войников, Войнов — то Войнатовский стоит особняком: у него нет явной «военной» семантики, скорее это указание на место жительства предка, которое само получило имя от прозвища. То есть фамилия прошла двойную трансформацию: от личного прозвища к названию села и от него к фамилии потомков.