Фамилия Войнаховский — яркий пример фамилии, образованной по польско-украинской модели. Её основа — не личное имя и не профессия, а географическое название, что сразу настраивает на поиск конкретного места.

Ключевой элемент здесь — суффикс -овский/-евский, характерный для шляхетских фамилий Речи Посполитой. В русской традиции такие фамилии чаще всего оканчиваются на -ов, -ин, но на бывших землях Великого княжества Литовского и Польского королевства суффикс -ский указывал на принадлежность к местности: владелец поместья или выходец из села назывался по его имени. Войнаховский — буквально «тот, кто из Войнахова» или «из Войнахово».

Корень фамилии — Войнах (или Войнаха). Это, скорее всего, прозвище или производное от славянского имени Война (сравните с именем Войтех, где «вой» — воин). В старопольском и украинском языках «війна» — война, а «войнак» — воин, боец. Таким образом, Войнаха — человек воинственный, либо же тот, кто получил прозвище по случаю войны. От этого прозвища и возникло название поселения — деревня Войнахово (или Войнахи), жителей которой и стали звать Войнаховскими.

Фамилия географически привязана к западным землям. Наиболее вероятный топоним — деревня Войнахово (Wojnachowo) в Великопольском воеводстве Польши, либо села с похожими названиями на территории современной Западной Украины (Волынь, Подолье). В XIX веке носители фамилии фиксировались в Подольской и Волынской губерниях Российской империи, что подтверждает её западнорусское происхождение.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ский, которые в России часто носили духовенство (семинарские фамилии), Войнаховский — светская, топонимическая. Она не выдумана в семинарии, а возникла естественным путём, как указание на родину предка. Сословно её носители могли быть как мещанами, так и мелкой шляхтой, особенно если село Войнахово было родовым гнездом.

В современном написании фамилия сохранила польское окончание -ский, хотя в украинской традиции встречается вариант Войнахівський. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Война́ховский, хотя в некоторых говорах возможно смещение на третий.