Фамилия Войницкая — женская форма фамилии Войницкий, и её происхождение стоит искать в нескольких географических точках, связанных общим корнем. Самая вероятная версия отсылает к польскому городу Войнич (Wojnicz) в Малопольском воеводстве. Топоним образован от польского «wojna» — война, рать. Таким образом, основное значение фамилии — «выходец из Войнича», а в более широком смысле — потомок воина или человека, причастного к воинской службе.

В отличие от многих фамилий на -ский, которые часто указывают на дворянское происхождение, по Войницким сохранились конкретные исторические записи. В польских документах упоминается дворянский род Войницких герба Стремя (Стшеме), имеющий русские корни. Первый известный предок, Олехно Войницкий, фигурирует в Волынской метрике 1528 года. Его потомок Станислав в конце XVI века переселился в Великое княжество Литовское и стал писаться как Невойнянец-Войницкий. Эта ветвь рода дала известного военного инженера и генерал-лейтенанта Гериха Станиславовича Войницкого (1833 г.р.), который изобрёл новую систему отопления. Потомки этой линии были внесены в VI часть родословных книг Минской и Виленской губерний, а другая ветвь — в I часть книги Ковенской губернии.

Модель образования фамилии типична для польской и западнорусской традиции: суффикс -цк-/-ск- указывает на принадлежность к местности или роду. Однако география не ограничивается Польшей. В Болгарии есть село Войница в Видинской области, а в Финляндии — река Войница. Нельзя исключать, что предок носителя фамилии был уроженцем этих мест. Все три топонима — польский город, болгарское село и финская река — этимологически восходят к одному славянскому корню «войн», связанному с военным делом.