Фамилия Войницкий — это типичный пример «географической» фамилии, образованной по польской модели с суффиксом -цк(ий). Основа здесь — название города Войнич (Wojnicz) в Малопольском воеводстве, Тарнувском повяте. Такую фамилию обычно получал помещик, владевший землями в этом городе или рядом с ним, либо его слуга, переехавший оттуда. Топоним Войнич восходит к польскому «wojna» (война, рать), то есть изначально это могло быть военное поселение или место сбора дружины.

Связь фамилии с военным делом подтверждается и геральдикой. В исторических документах упоминается польский дворянский род Войницких русского происхождения герба Стремя (Стшеме). Предок рода, Олехно Войницкий, зафиксирован в Волынской метрике 1528 года. Его потомок Станислав в конце XVI века переселился в Великое княжество Литовское и стал писаться Невойнянец-Войницким. Эта ветвь внесена в VI часть родословных книг Минской и Виленской губерний. Один из её представителей — Герих Станиславович Войницкий (1833 г.р.) — военный инженер, генерал-лейтенант, известный изобретением новой системы отопления.

Другая ветвь рода попала в I часть родословной книги Ковенской губернии, что говорит о более позднем получении дворянства (по личной выслуге, а не по древности). Кроме польского Войнича, есть и другие топонимы с тем же корнем: болгарское село Войница (Видинская область) и финская река Войница. В каждом случае этимология связана с «войн» — принадлежностью к воинской службе. Однако версия с польским городом Войнич остаётся основной: именно там суффикс -цк-исторически «приклеивался» к названиям поселений, образуя фамилии шляхты.