Фамилия Войшева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Войшев, образована по простой и распространённой модели: к личному имени или прозвищу добавили притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Войшев сын, то есть сын Войша). Ключ к происхождению — в корне «Войш-». Это усечённая или народная форма старых славянских имён, начинавшихся на «Вой-» или «Войш-». Чаще всего ономасты связывают её с именем Войшельк — литовским князем XIII века, сыном Миндовга. Имя это сложное: первая часть происходит от литовского «vyti» (гнать, преследовать) или славянского «вой» (воин), вторая — от «šel̃kas» (щедрый, милостивый). В бытовой речи длинное имя сократили до Войш, а затем и до Войша — так на Руси называли человека, носившего это балтское или смешанное балто-славянское имя. Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Войша, данного крикливому, задиристому человеку (от глагола «выть» или «вой»). В таком случае фамилия отражала бы не имя, а черту характера.

Географически фамилия Войшев (и Войшева) тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Смоленщине, Белоруссии, западным областям Украины. Это объяснимо: именно здесь веками жили балтские и славянские племена, имена с корнем «Войш-» были привычны. Встречается фамилия и у потомков польской шляхты, где имя Войшех (чешское Vojtěch, польское Wojciech) могло дать форму Войш. Однако для фамилии Войшева более характерна именно литовско-русская среда, а не польская, где преобладал бы суффикс -ич или -ский.

В социальном плане носители фамилии Войшев, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -ев редко встречались у высшей знати (там преобладали -ский/-цкий), а вот простые люди, получившие фамилию по отцу или деду, часто носили именно такую форму. Войшевы могли быть потомками служилых людей, оборонявших западные рубежи, или же обычными землепашцами. Ударение в фамилии, судя по типовой модели, падает на первый слог: Во́йшева.