Фамилия Войшвилов — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. Самая вероятная версия связывает её с литовским или балтским корнем. Основа «Войшвил» восходит к литовскому личному имени Vaišvila, которое состоит из двух частей: vaiš- (от vaišės — «угощение, пир» или vaišinti — «угощать») и -vil (от viltis — «надежда» или vilnis — «волна»). Таким образом, имя Vaišvila могло означать «надежда на угощение» или «гостеприимная надежда» — типичная для балтской антропонимики двухосновная конструкция, где вторая часть часто указывает на желаемое качество.

Русский суффикс -ов превратил это имя в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Войшвилов, то есть «сын (или потомок) Войшвила». Такое оформление характерно для западнорусских земель, особенно для территорий, где веками шло смешение славянского и балтского населения — современные Смоленщина, Беларусь, Литва. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан Виленской, Ковенской и Гродненской губерний, что подтверждает её балто-славянское происхождение.

Есть и другая гипотеза, менее вероятная: связь с польским wojować («воевать») и szyć («шить») или szyło («шило»). Но такое толкование выглядит натянутым — славянские прозвища редко образуются от глагольных основ с таким суффиксальным оформлением, а балтская версия объясняет и форму, и географию распространения куда естественнее. Скорее всего, первый носитель фамилии получил её от отца или деда, которого в округе знали под прозвищем Войшвил — либо по имени, либо по черте характера (гостеприимный, хлебосольный человек).

Написание фамилии устойчиво: двойное «и» в корне — не ошибка, а отражение литовского дифтонга ai, переданного по-русски как «ой» (сравните: Войшвила — Vaišvila). Ударение в современном русском языке обычно падает на второй слог: Войшви́лов, хотя в диалектах XIX века могло смещаться. Других вариантов, вроде Войшвиллов или Войшвилев, в исторических документах не зафиксировано.