Фамилия Вражитор — редкая, одиозная и, скорее всего, книжного происхождения. Её основа не связана с бытовым прозвищем или профессией, а восходит к церковнославянскому слову «вражий» — то есть «вражеский», «дьявольский», «бесовский». В древнерусском языке «враг» имело не только военное значение, но и прямое религиозное — «враг рода человеческого», то есть сатана. Вторая часть, «-тор», — типичный латинский суффикс деятеля (как в словах «лектор», «диктатор», «экзекутор»). Соединившись, эти части дают буквальное значение «тот, кто враждует» или «противник», но с отчётливым демоническим оттенком.

Скорее всего, фамилия Вражитор — искусственная, семинарская. В XVIII–XIX веках в духовных академиях и семинариях будущим священникам нередко давали фамилии на греческий или латинский манер, переводили прозвища на «учёные» языки или образовывали новые от церковных понятий. «Вражитор» могла возникнуть как фамилия-прозвище для семинариста с тяжёлым, строптивым характером — этакого «противника» в спорах, или же как ироничное именование, данное наставниками. Встречаются похожие по модели фамилии: Аггелов (от «аггел» — злой дух), Демонин, Сатановский. Вражитор стоит в том же ряду — звучно, необычно и с оттенком мрачной книжности.

Другая, менее вероятная версия — что фамилия происходит от редкого географического названия. В некоторых говорах «вражина» могло означать овраг, лог, опасное место. Но суффикс «-тор» для русской топонимики нехарактерен, поэтому эта гипотеза слаба. Скорее всего, перед нами именно семинарская конструкция, осмысленная как «противник» или «злодей» в книжном смысле.

Носители фамилии Вражитор встречаются в основном в центральной России и на Украине, но крайне малочисленны. В дореволюционных метриках и исповедных росписях она почти не фиксируется — что тоже говорит в пользу её позднего, искусственного происхождения. В советское время такая фамилия могла привлекать нежелательное внимание, поэтому некоторые её носители могли сменить или адаптировать написание.

Итог: Вражитор — это не прозвище предка-разбойника, а скорее «учёное» именование, данное в духовной школе. Ваш предок, вероятно, был либо самим семинаристом, получившим такую фамилию от начальства, либо священником, который нёс её как напоминание о борьбе с «вражией силой». Фамилия редкая, с яркой смысловой окраской и почти наверняка имеет отношение к церковной среде.