Фамилия Вражкины — редкий случай, когда корень слова вызывает почти автоматическую, но ложную ассоциацию. На первый взгляд кажется, что в основе лежит «враг» или «вражда», и фамилия могла достаться потомкам недружелюбного, сварливого человека. Однако у этой версии мало лингвистических оснований: суффикс -к- в прозвищах такого типа встречается, но обычно в форме «Вражкин» напрямую от «враг» не образовывали — скорее получили бы «Врагов» или «Вражин».

Куда вероятнее, что Вражкины — это потомки человека, носившего прозвище Вражка. В русских говорах, особенно северных и владимирских, «вражка» или «вражек» — это уменьшительное от «овраг». Так называли овражек, ложбину, низину. Прозвище мог получить человек, живший у оврага, на краю оврага, или же тот, кто владел таким участком земли. Аналогичный принцип образования у фамилий Овражкин, Ложкин (от «ложок» — овражек), Долгушин (от «дол» — низина).

Модель образования проста: прозвище Вражка плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Вражки». Фамилия могла закрепиться в среде крестьян и однодворцев, где прозвища по месту жительства или по особенностям ландшафта были распространены. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия могла писаться по-разному: Вражкин, Вражкины, а в некоторых диалектах — с «аканьем» как Врашкин.

Встречается фамилия редко, и это дополнительный аргумент в пользу её локального происхождения: она привязана к конкретной местности, где слово «вражка» было в ходу. Если искать следы, стоит обратить внимание на старые писцовые книги по Владимирской, Костромской или Вологодской губерниям — там могли упоминаться деревни «Вражки» или «Вражек», а с ними и крестьяне с такой фамилией.