Основа «Вражк-» восходит к древнерусскому слову «враг» или «ворог», которое в старину означало не только неприятеля, но и нечистую силу, черта, а также — в диалектах — колдуна или злого человека. Суффикс «-к-» в прозвище Вражко (от которого и пошла фамилия) придаёт уменьшительно-уничижительный или, наоборот, фамильярный оттенок: так могли назвать беспокойного, сварливого человека, которого в шутку или всерьёз считали «чертёнком» или «вражиной».

Однако есть и более бытовая версия. В некоторых северных и сибирских говорах «вражка» — это овраг, ложбина, рытвина. Человек, живший у такого оврага, мог получить прозвище Вражка или Вражко. Такая топонимическая основа встречается в фамилиях Вражнов, Вражский и, вероятно, повлияла на Вражкина. Если следовать этой логике, предок носительницы фамилии был не «врагом», а просто обитателем овражистой местности.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: сначала отчество от прозвища Вражка (Вражко) по схеме «чей сын?» — Вражкин, а затем, по законам русской грамматики, женская форма Вражкина для дочери или жены. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность, что типично для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я.

В ономастических справочниках фамилия Вражкин не относится к числу частых и знатных. Она скорее крестьянская или мещанская, распространённая в центральной России и Поволжье, где овражный рельеф — обычное дело. Встречаются также варианты написания с одной «ж» (Вракин), но это, скорее, опечатка или результат упрощения при переписи.

Таким образом, искать в фамилии Вражкина зловещий смысл не стоит. Скорее всего, она либо описывала место жительства предка (у оврага), либо давала ему шутливое прозвище, которое со временем потеряло первоначальную резкость.