Фамилия Вукуа звучит нехарактерно для русской ономастики, и это сразу подсказывает её происхождение: перед нами не славянская, а грузинская или абхазская фамилия. В русском языке она сохранила исконное окончание -а, типичное для многих западногрузинских фамилий (сравните: Гулиа, Бериа, Данелия). Такая форма указывает на то, что фамилия не «обрусела» и не получила русских суффиксов -ов или -ин, а вошла в обиход в исходном виде.

Основа фамилии — «Вуку» (или «Вукуа» в полной форме). В грузинском языке суффикс -уа (-უა) часто встречается в мегрельских и абхазских фамилиях и указывает на принадлежность к роду или местности. Само слово «вуку» (ვუკუ) может восходить к древнему личному имени или прозвищу. Есть версия, что в основе лежит абхазское «а-вуку» — «бык» или «вол», что могло быть прозвищем сильного, упрямого человека или скотовода. В грузинской среде это имя-прозвище могло означать «упрямец» или «крепкий», но точное значение без диалектного контекста установить сложно.

Географически фамилия Вукуа тяготеет к Абхазии и Западной Грузии, особенно к Мегрелии. Встречается она и в среде абхазской диаспоры, например, в Турции, куда многие абхазы переселились в XIX веке после Кавказской войны. В России эта фамилия редкая и, как правило, принадлежит потомкам выходцев с Кавказа.

С точки зрения социальной истории, предки носителей фамилии Вукуа, скорее всего, были свободными крестьянами или имели отношение к скотоводству и земледелию. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах Российской империи не зафиксировано, что говорит о её народном, а не аристократическом происхождении. Спорных версий у фамилии немного: основная гипотеза — прозвище от названия животного — выглядит наиболее правдоподобной, так как подобные модели (Коберия — от «коба» (кабан), Квициния — от «квица» (козёл)) широко распространены в абхазо-адыгской ономастике.