Фамилия Вуянко — один из тех случаев, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Модель на -енко (в данном случае через «я») — классический украинский способ образования фамилий, указывающий на происхождение от отца или прозвища. Вуянко, скорее всего, происходит от личного имени или прозвища Вуй, Вуйко. Слово «вуй» в украинском языке означает «дядя по матери» (в отличие от «стрий» — дядя по отцу). Таким образом, Вуянко — это буквально «сын Вуя» или «маленький Вуй», то есть потомок человека, которого в семье или общине называли по родственной связи.

Корень «вуй» довольно редок в русских фамилиях, но встречается в украинской ономастике. В словаре украинских фамилий можно найти аналоги: Вуй, Вуйко, Вуйчик. Прозвище Вуй мог получить человек, который жил у дяди по матери, был его воспитанником или имел к нему особую близость. В польском языке слово «wuj» имеет то же значение, что усиливает западноукраинское или польско-украинское пограничье как вероятную географию фамилии.

Географически фамилия Вуянко тяготеет к западным областям Украины — Волыни, Галичине, Подолью. В российских переписях она встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Социально носители такой фамилии в XIX веке относились к крестьянскому или казачьему сословию, где прозвища по родству были особенно распространены.

Что касается альтернативных версий, иногда пытаются связать Вуянко с тюркским «вуй» (дом, жилище), но это натяжка: модель на -енко однозначно указывает на славянскую, а точнее украинскую, среду. Спорным остаётся только написание: в некоторых актах можно встретить вариант Вуенко, что является фонетической записью того же звучания. Однако в современном виде фамилия закрепилась именно как Вуянко — с характерным для украинских фамилий переходом «е» в «я» под ударением.