Фамилия Выченкова — женская форма от Выченков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Скорее всего, перед нами отчество от прозвища или имени Выченок. Суффикс -ок в русских прозвищах часто уменьшительный или указывал на молодого человека, сына: Выченок — это «маленький Выча» или «сын Вычи». А Выча — это краткая, обиходная форма от церковного имени Вячеслав (через народное Вычеслав) или от Виссарион. В северных и центральных говорах звук «в» перед «я» мог переходить в «ы», поэтому Вяча превращалось в Вычу.

Другая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике: основа от глагола «вычить» — в некоторых диалектах это значило «выть, завывать» или «кричать». Тогда Выченок — прозвище крикливого, голосистого человека. Однако первая версия, с именем Вячеслав, проще и подкрепляется тем, что у фамилии есть однокоренные параллели: Вычегжанин, Вычегдин — там корень связан с рекой Вычегдой, но Выченков к гидрониму отношения не имеет.

Географически фамилия Выченков (и Выченкова) тяготеет к центральным областям России, особенно к бывшим Владимирской и Костромской губерниям. Там форма Выча для Вячеслава была обычной. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Выченков буквально «чей?» — сын Выченка. Это типичная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьян и посадских людей записывали по отцу или деду.

В написании фамилии нет ничего необычного: ударение, скорее всего, падает на первый слог — ВЫченкова. Встречается и вариант Выченков с ударением на второй слог, но словари русских фамилий фиксируют начальное ударение как более старое. Носительница этой фамилии может с уверенностью связывать своих предков с крестьянской или мещанской средой Центральной России, где имя Вячеслав в народном пересказе дало такую цепочку: Вячеслав — Выча — Выченок — Выченков.