Фамилия Ваченкова — женская форма от Ваченков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Ваченок (Вачёнок). Суффикс -ок в русских фамилиях часто указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а в сочетании с окончанием -ов/-ев даёт типичную «патронимическую» модель: Ваченков буквально значит «сын Ваченка», то есть потомок человека, которого в быту звали Вачёнок.

Корень здесь — Вач-. Это краткая форма от канонического имени Иван (через народные варианты Ваня → Вача). В северных и центральных русских говорах имя Вача, Вачко было вполне обычным. В ономастических работах (например, у С. Б. Веселовского в «Ономастиконе») упоминается Вача как самостоятельное имя-прозвище, а также фамилия Вачев. Ваченков — та же модель, но с увеличительным или скорее уменьшительным суффиксом -енок, характерным для северо-западных и новгородских земель. Именно там, в Псковской, Новгородской, Тверской областях, такие фамилии на -ёнков/-енков встречаются особенно часто.

Есть и другая версия, более редкая: Ваченков мог образоваться от прозвища Ваченок, связанного с диалектным словом «вачкать» — пачкать, марать. В этом случае предок мог получить прозвище за неопрятность или, наоборот, за работу с грязью, глиной (например, гончар). Но эта гипотеза слабее: прозвища от глаголов с суффиксом -енок в русской антропонимии почти не встречаются, а вот патронимы от имён — основная масса.

Географически фамилия Ваченков (и Ваченкова) тяготеет к северо-западу России. По данным открытых источников, носители встречаются в Псковской, Ленинградской, Новгородской областях, а также в Беларуси и на востоке Латвии. В XIX веке Ваченковы числились среди государственных крестьян и мещан — то есть сословно фамилия недворянская, из простонародья.

Если говорить о написании: форма Ваченкова (а не Вачёнкова) закрепилась в официальных документах, хотя по произношению возможен вариант с «ё» под ударением. В старых метрических книгах встречается двоякое написание — Ваченков и Вачёнков, что типично для фамилий, записанных «на слух» приходскими писарями.