Фамилия Вычижанины, как и многие русские фамилии с суффиксом -ин, изначально была отчеством: Вычижанин — сын Вычижанина. Но ключевой вопрос — откуда взялось само прозвище Вычижанин? Самая убедительная версия связывает его с топонимом Вичуга. Так называется река в Ивановской области и расположенный на ней город. Выходца из этих мест, вероятно, прозвали Вычижанином — то есть «вичужанином» (с характерным для северных говоров переходом «у» в «ы»). Такая модель образования фамилий по названию местности широко распространена: ср. Тверитин, Москвитин, Каргополец.

Существует и другая гипотеза, хотя и менее правдоподобная. В сибирских и саратовских говорах бытовал глагол «вычужать» — чудить, придумывать нечто затейливое. Если принять эту версию, то Вычижанином могли прозвать фантазёра или человека со странностями. Однако против неё говорит то, что основа «вычур-» обычно даёт фамилии вроде Вычурова или Вычуркина, а форма на -анин (-янин) прочно связана именно с географическими названиями.

Фамилия Вычижанины — редкая. Её распространение в основном фиксируется в центральных областях России, что косвенно подтверждает версию о связи с ивановской Вичугой. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян затянулся до XIX века, и раньше человек мог зваться просто «Ивашка Вычижанин» — прозвищем, указывающим на его малую родину.