Фамилия Выдыбура — редкий случай, когда прозвище сложили из двух славянских корней, и оба связаны с обороной и границей. Первая часть, «выда», в старину означала наблюдателя за порубежной чертой, за постами на границах. Вторая часть восходит к слову «бур» — так называли город или крепость. Соединив их, получаем прозвище «наблюдатель, смотровой крепости», то есть человек, который нёс дозорную службу на стенах или башнях.

Модель образования нестандартна: фамилия застыла в форме чистого прозвища без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в южнорусских или западнорусских землях, где украинская и белорусская традиция нередко оставляла прозвища в исходном виде. В Великороссии такое прозвище, скорее всего, превратилось бы в Выдыбуров или Выдыбурин.

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в народной этимологии, связывает «буру» с бурой мастью или бурным нравом. Однако историческая опора на «бур» как «крепость» выглядит убедительнее: слово «бур» в значении укрепления фиксируется в древнерусских источниках и родственно польскому «burz», что переводится как «замок». Так что предок-носитель фамилии Выдыбура скорее всего нёс сторожевую службу, а не имел отношения к цвету волос или характеру.