Фамилия Вылыш — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образовалась не от крестильного имени, а от прозвища или местного слова, которое сейчас почти забыто.

Первый и самый вероятный путь — основа «выл-» от глагола «выть». В старину «вылыш» или «вылышный» могли назвать человека с низким, гудящим голосом, плаксивого или того, кто монотонно, заунывно говорил. Прозвища по голосу и манере речи давали часто: Бас, Крик, Визг, Гугнивый. Вылыш стоит в этом же ряду. Суффикс «-ыш» типичен для русских прозвищных фамилий: Малыш, Глупыш, Крепыш. Он придаёт слову оттенок характерного признака.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом. В некоторых северных говорах «выла» означала «выдра», а «вылыш» могло быть производным — либо прозвищем ловкого, пронырливого человека, либо указанием на занятие охотой на этого зверя. Однако эта гипотеза слабее: суффикс «-ыш» редко образует названия от животных напрямую.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и к коми-пермяцким территориям, где встречаются похожие звучащие основы. Встречается она и у русских, и у коми, что говорит о возможном заимствовании прозвища из финно-угорской среды, но убедительных данных об этом нет.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели: без суффикса принадлежности (-ов, -ин) — «чистое» прозвище, застывшее в форме именительного падежа. Такие фамилии чаще встречались на севере и в Сибири, где закрепились в качестве официальных позже, чем в центральных губерниях. Носитель фамилии Вылыш, скорее всего, потомок человека, которого в деревне запомнили по голосу или нраву — настолько ярко, что прозвище пережило века.