Фамилия Вышибаев — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти буквальный смысл действия. Основа здесь — глагол «вышибать» (выбивать, вышибать). Суффикс -ев указывает на принадлежность: Вышибаев буквально значит «сын Вышибая» или «из рода Вышибая». Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -ай: Вышибай → Вышибаев.

Что означало само прозвище Вышибай? В русских говорах «вышибала» — это человек, который силой выбивал двери, выдворял неугодных, работал вышибалой в кабаках или приказчиком, собиравшим долги. Однако у прозвища мог быть и более нейтральный, ремесленный оттенок. В крестьянском быту «вышибать» означало выколачивать пыль из одежды, выбивать зерно из колосьев цепом. Не исключено, что предок Вышибаевых был молотильщиком, либо обладал крутым нравом и силой, за что и получил соответствующее уличное имя.

Интересная деталь: фамилия редкая и почти не встречается за пределами исконно русских областей. В дореволюционных источниках её носители фиксируются в основном среди крестьян и мещан центральных губерний — Владимирской, Ярославской, Костромской. Дворянских родов с такой фамилией нет, что логично: прозвище слишком «низовое» и бытовое для аристократии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Выбивалов, Выбивалкин, Вышибалов — показывает, что все они образованы от одного глагольного корня, но Вышибаев стоит особняком благодаря суффиксу -ай. Такая модель (Ковыряй, Болтай, Ломай) характерна для прозвищ, данных за манеру поведения или род занятий, и в XIX веке она уже считалась просторечной, почти грубой. Поэтому в официальных документах прозвище могли записать как Вышибаев, «облагородив» окончанием.

Никаких альтернативных гипотез о тюркском или финно-угорском происхождении у этой фамилии нет — корень прозрачный, славянский. Спорить здесь не о чем.