Фамилия Вышнеградская — женская форма фамилии Вышнеградский, и её происхождение напрямую связано с топонимом. Основа «Вышнеград» — это, скорее всего, название населённого пункта. Разбираем слово: «вышний» (то есть «верхний», «горний») и «град» (город, крепость). Таким образом, Вышнеград — это «Верхний город» или «Верхняя крепость». В славянском мире топонимов с таким корнем несколько: известна Вышнеградская крепость в Сербии, а на территории бывшей Российской империи встречались деревни и усадьбы с похожими названиями, например, Вышний Град или Вышгород.

Модель образования фамилии типична для дворянских или духовных родов: суффикс -ск- указывает на принадлежность к местности или владению ею. Человек, которого прозвали Вышнеградским, вероятно, либо владел землёй в таком месте, либо был выходцем оттуда. Окончание -ая в женской форме — это стандартный способ указать на принадлежность женщине из этого рода (жене или дочери Вышнеградского).

Стоит отметить, что фамилия почти не встречается в крестьянской среде. Духовенство и дворянство в России часто брали фамилии по названиям своих приходов, усадеб или по красивым, «говорящим» топонимам. Вышнеградская звучит книжно, несколько архаично и явно не из бытового прозвища — её придумали или официально закрепили за родом, а не унаследовали от ремесла или внешности предка.

Если сравнивать с однокоренными, то Вышнеградский стоит в одном ряду с Вышгородским, Вышенским, Вышеславским. Все они образованы от той же приставки «выше-» или «выш-», означающей возвышенность, превосходство. Споров о происхождении здесь почти нет: версия с топонимом — единственная правдоподобная, и она же — самая простая. Никаких альтернативных прозвищ вроде «вышний град» в значении «высокомерный горожанин» лингвистика не подтверждает.