Фамилия Выскушенко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был распространён в Поднепровье и на Левобережной Украине. Этот суффикс изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Выскушенко — «сын Выскуша» или «потомок того, кого прозвали Выскуш».

Основа Выскуш- вызывает споры. Самая прямая версия — от глагола «выскусить» (откусить, выгрызть, прокусить). В диалектах украинского и южнорусского наречий «выскуш» или «выскуша» могло быть прозвищем человека с характерной привычкой, например, кусать губы или ногти, либо того, кто работал с зубами — скажем, знахаря, заговаривающего зубную боль, или мастера, выкусывающего что-то из металла (в кузнечном деле «выкусить» — вырубить зубилом). Прозвища от физических действий в ту эпоху давали часто и без злого умысла: по заметной черте поведения.

Менее вероятна, но допустима связь с «выскубти» (выщипать, выдрать) — в украинских говорах «вискубти» значит вырвать клок волос или шерсти. Тогда прозвище Выскуш мог получить человек с редкими волосами или тот, кто занимался ощипыванием птицы. Однако фонетика здесь расходится: «скуб-» дало бы «Скубенко» или «Выскубенко», а не «Выскушенко».

Встречается и гипотеза о польском влиянии: от «wyskuszyć» (высушить) — но для украинского суффикса -енко такое заимствование маловероятно, фамилия звучит как исконно восточнославянская.

Географически Выскушенко — редкая фамилия, её фиксируют в основном в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Днепропетровская области). В России встречается единично, чаще у потомков переселенцев с Украины. Сословного статуса у фамилии нет: её могли носить и казаки, и крестьяне — суффикс -енко в XVII–XVIII веках был массовым, а не аристократическим.

Если сравнивать с однокоренными, то «чистых» аналогов почти нет. Близки по звучанию фамилии Выскребенцев (от «выскрести») и Выскваркин (от диалектного «выскварка» — выжарка), но они образованы от других глагольных основ. Выскушенко стоит особняком — возможно, потому что прозвище было узкоместным, бытовым и не разошлось широко.