Фамилия Выжнайкин — редкая и с первого взгляда непрозрачная. Если разбить её на части, сразу заметна нестандартная модель: корень «выжн-», суффикс «-айк-» и типичное русское окончание «-ин». Именно суффикс «-айк(а)» выдает диалектное, скорее всего, северное или поволжское происхождение. В русских говорах такие формы (например, «выжнайка») могли быть прозвищем, образованным от глагола «выжинать» — то есть сжинать, убирать урожай. В этом случае Выжнайкин — потомок человека по прозвищу Выжнайка, то есть «тот, кто выжинает», скорее всего, хороший жнец или батрак, занятый на уборке хлеба.

Слово «выжнать» — диалектный вариант литературного «сжать» или «выжать» (зерно). В говорах Вятки, Архангельской и Вологодской губерний приставка «вы-» часто заменяла «с-»: «выжать рожь» означало «сжать рожь». Таким образом, основа фамилии чисто трудовая, крестьянская, и указывает на занятие предка. Суффикс «-айк-» (в форме «-айка») в русских фамилиях встречается нечасто, он характерен для прозвищ, которые закрепились в северных и сибирских регионах — ср. фамилии Шушайкин, Кушайкин, Мотайкин.

Версия о происхождении от личного имени маловероятна. Имя Выжнай или Выжней не зафиксировано в святцах, а корень «выжн-» не связан с христианскими именами. Также нет оснований связывать фамилию с украинским или белорусским «вижна» (овца) — для этого написание было бы иным, и суффикс «-айк-» там нехарактерен.

Географически фамилия Выжнайкин тяготеет к Поволжью и Заволжью. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители встречаются в Симбирской, Самарской и Казанской губерниях. Это подтверждает связь с земледельческим прозвищем: именно в чернозёмных и приволжских районах жатва была основным крестьянским занятием. Сословно предки Выжнайкиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами — фамилия не имеет аристократических суффиксов «-ский» или «-ов».

Таким образом, фамилия Выжнайкин — редкий пример «говорящего» прозвища, которое прямо указывает на занятие: предок был жнецом, и его трудовая особенность закрепилась в родовом имени через диалектную форму.