Фамилия Яаковенко — яркий пример того, как украинская модель образования фамилий «нанизывается» на имя из совсем другой языковой традиции. В основе лежит библейское имя Яаков — это прямая транслитерация древнееврейского имени Яаков (יעקב), которое в русской и славянской традиции закрепилось в форме Иаков, а в бытовом обиходе — как Яков. Суффикс «-енко» — один из самых распространённых в украинской ономастике, он образует фамилии со значением «сын» или «потомок». Таким образом, Яаковенко буквально означает «сын Яакова» или «потомок того, кого звали Яаков».

Сама по себе форма «Яаков» — это не народная славянская переделка, а книжный, церковный или, возможно, еврейский вариант произношения. На Украине и в южных регионах России имя Яков в быту звучало как «Яків», что дало фамилии Яковенко, Якименко, Яковлев. Вариант с двойным «а» — Яаковенко — встречается реже. Он мог возникнуть в среде, где имя произносили ближе к оригинальному древнееврейскому звучанию: в еврейских местечках, среди караимов или в семьях, где чтили библейскую традицию. Либо это поздняя канцелярская фиксация: писарь записал фамилию по паспорту так, как услышал от носителя, не переделывая в привычное «Яков».

В сословном плане фамилии на «-енко» в XVII–XIX веках были массовыми среди казачества, крестьян и мещан Левобережной и Слободской Украины. Яаковенко мог быть потомком казака, ремесленника или крестьянина, которого в документах записали не по отцу Якову, а по деду или прадеду с редким именем Яаков. Географически фамилия тяготеет к территории современной Украины и югу России, но из-за своей необычной орфографии — Яаковенко — она не попала в массовые списки, а осталась локальной, штучной.

Сравнение с однокоренными фамилиями: если Яковенко — это «стандартный» украинский патроним от Якова, то Яаковенко — его более архаичный и редкий двойник. Встречаются также фамилии Яковлев (русская модель), Якобсон (немецкая или еврейская) и Якубенко (от польско-украинского Якуб). Яаковенко стоит особняком — она сохранила библейскую огласовку, что делает её своеобразным мостом между книжной традицией и живой речью южнорусских земель.