Фамилия Ячеченко — редкий пример, где за привычным украинским суффиксом скрывается неочевидная основа. Суффикс -енко (в северных и центральных областях Украины он указывал на «малого», «сына» или «ученика») здесь присоединён к основе Ячеч- , которая сама по себе требует разбора.

Самая вероятная версия — прозвищная. Основа могла восходить к слову «ячея» (ячейка, отверстие, петля в сети). В говорах это слово имело и переносные значения: так могли назвать человека с невысоким ростом и щуплым телосложением («мелкий, как ячейка»), либо того, кто плёл сети или рыбачил. В пользу этой версии говорит то, что фамилии от названий рыболовных снастей (Неводов, Сеткин) встречаются, но редко, и Ячеченко стоит в том же ряду.

Менее убедительная, но возможная версия — от имени Яков через уменьшительную форму Ячечка. В украинском языке имя Яков (укр. Яків) могло давать производные вроде Яцько, Ячко, Ячечка. Тогда Ячеченко — «сын Ячечки». Однако форма «Ячечка» не зафиксирована в известных словарях украинских имён (например, в работах І. Трійняка), поэтому эта гипотеза слабее прозвищной.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине — классическому ареалу фамилий на -енко. В дореволюционных метрических книгах Ячеченко встречаются в основном среди казаков и крестьян, что типично для этой модели: суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно вытеснял старые патронимы у всех сословий, кроме шляхты, и не указывает на высокое происхождение.

Словообразовательная конструкция проста: прозвище Ячеча (или Ячеч) + суффикс -енко = «потомок того, кого звали Ячеча». Ударение в фамилии, скорее всего, на второй слог: Яче́ченко, хотя в бытовой речи возможны колебания.