Фамилия Ячеина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а мужской вариант (Ячеин) встречается реже. Это сразу подсказывает, что перед нами не отчество от крестильного имени, а прозвищная фамилия, образованная через притяжательный суффикс -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединяли к основам на -а/-я: если предка звали Ячея, его потомки становились Ячеиными.

Корень «ячея» в старом русском языке имел два основных значения. Первое — «ячейка», то есть отверстие, гнездо, углубление (отсюда «ячеистый» — ноздреватый, пористый). Второе, более конкретное — «петля» в сети, особенно в рыболовной. Это даёт прямую подсказку о возможном ремесле родоначальника: Ячеёй могли прозвать рыбака, который плёл сети, или мастера, изготовлявшего невода. Прозвище могло быть ироничным — так могли назвать человека с редкими зубами или рябого лицом (следы оспы напоминали ячейки).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где рыболовство было основным промыслом. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Ячея в новгородских и вологодских землях, но документальных подтверждений прямой связи с современной фамилией нет. Важно не путать Ячеину с фамилией Ячнева (от слова «ячмень» или «ячневая крупа») — это разные корни, хотя на слух они похожи.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что суффикс -ин здесь присоединён не к имени, а к предметному прозвищу. В этом она схожа с фамилиями типа Швецов (от «швец» — портной) или Плотников, но с той разницей, что основа «ячея» не стала именем нарицательным для профессии, а осталась в узком диалектном значении. Поэтому Ячеина — скорее прозвищная фамилия, чем профессиональная, хотя грань здесь тонкая.

В современных справочниках фамилия нечастотна, её носители живут в основном в европейской части России. Мужской вариант Ячеин встречается в единичных записях, что подтверждает: основная линия пошла от женщины, либо фамилия была записана в женском роде при переписи (например, вдова Ячея). Такая фиксация нередка в северных говорах, где женские прозвища иногда становились родовыми.