Фамилия Ядыханов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она образована по стандартной русской модели: к основе Ядыхан- прибавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ядыхана). Ударение, скорее всего, на втором слоге: Ядыха́нов.

Главная загадка — в прозвище или имени Ядыхан. Это сложное слово, и здесь возможны две основные версии. Первая, самая вероятная: основа восходит к тюркским языкам, где «яды» (или «йады») — это «враг», «чужой», а «хан» — титул правителя. В таком случае Ядыхан — не буквальный «хан врагов», а прозвище воина, защитника, либо, наоборот, недруга, получившего его в насмешку. В тюркском именослове подобные «воинственные» прозвища были обычны. Вторая версия: в основе лежит арабское имя Яды́ (или Яди́), означающее «рука», «сила», «щедрость», к которому добавили тюркский компонент «хан» (вождь). Получается «щедрый правитель» или «сильная рука». Обе версии не противоречат друг другу: в любом случае, перед нами тюрко-татарское прозвище, которое в XV–XVII веках могли носить служилые люди или выходцы из ордынской среды, переходившие на русскую службу.

Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что в основе лежит полное имя или прозвище, а не уменьшительная форма. Географически фамилия встречается очень локально, преимущественно в Поволжье (Татарстан, Башкирия, Оренбургская область) и на Урале. Это подтверждает её восточное происхождение. Встречаются варианты написания Ядыханов и Ядыханнов (с двойным «н»), но первый вариант — основной.

Носителей фамилии исторически немного, она не попала в дворянские родословные книги, что говорит о крестьянском или мещанском сословии предков. Скорее всего, Ядыхановы — это потомки ясачных людей или государственных крестьян из татарских или башкирских родов, обрусевших в XIX веке. Фамилия не имеет отношения к слову «яд», хотя внешнее сходство есть — это ложная этимология.