Фамилия Яфошкин — редкая и на первый взгляд необычная для русского уха. Её основа не очевидна, но разгадка лежит в области народных форм крестильных имён. Скорее всего, в её основе лежит имя Ефрем (др.-евр. «плодовитый»), которое в просторечии давало множество уменьшительных вариантов: Ефоша, Яфоша, Офоша. Фамилия Яфошкин образована от формы Яфошка — ласково-пренебрежительного производного с суффиксом -к(а), типичного для деревенского быта XVI–XVII веков. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Яфошки» или «человек из семьи Яфошки».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «яфа» — так в некоторых говорах называли капризного, плаксивого человека или же просто болтуна. В этом случае фамилия могла закрепиться за прозвищем по характеру. Однако первая версия — от имени Ефрем — встречается чаще и подкрепляется существованием однокоренных фамилий: Ефошкин, Яфошин, Офошкин. Все они — звенья одной цепочки, разошедшиеся в произношении из-за местных говоров (аканье, замена «е» на «я» в начале слова).

Географически фамилия Яфошкин тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Ефрем было особенно популярно в крестьянской среде. Судя по модели образования, предки носителя фамилии — не дворяне, а свободные крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца в эпоху, когда фамилии только закреплялись (XVII–XVIII века). Фамилия не попала в родословные книги, поэтому её носители, скорее всего, не принадлежали к привилегированным сословиям.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, суффикс -ин в Яфошкине указывает на основу, оканчивающуюся на -а/-я (Яфошка). Это типичная модель для русских фамилий, образованных от уменьшительных имён. Если встретите однофамильца, есть шанс, что его предки родом из-под Костромы, Вологды или Архангельска — именно там акающие говоры превратили Ефрема в Яфрема, а затем и в Яфошку.