Фамилия Яфонкин — один из тех редких случаев, когда основа не лежит на поверхности, а суффикс даёт подсказку. Модель образования здесь стандартная: патроним на -ин, то есть «чей?» — «сын Яфонки». Но вот что такое «Яфонка», и тут начинается самое интересное.

Самая вероятная версия — это обиходная, уменьшительная форма от крестильного имени Афанасий. В народной речи имя Афанасий звучало как Афоня, Афонка, а на письме «ф» могло заменяться на более твёрдое «хв» (Хвоня). Однако в фамилии Яфонкин мы видим начальное «Я» и глухой «ф». Это объясняется диалектным «яканьем» — произношением «е» как «я» после мягких согласных. Исходная форма могла звучать как Ефонка (от Афоня → Ефоня), а на письме закрепилась в виде Яфонка. Получается цепочка: Афанасий → Афоня → Ефоня → Яфонка → Яфонкин. Имя Афанасий в переводе с греческого означает «бессмертный», и вплоть до XIX века оно было одним из самых частых в крестьянской среде.

Менее убедительная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Яфоня, связанного с диалектным словом «яфониться» (важничать, чваниться) или «яфа» (зазнайка, гордец). Такие прозвища давали людям с заметным поведением. Однако эта гипотеза слабее: глагол «яфониться» малораспространён и не фиксируется в авторитетных словарях русских говоров как общеупотребительный. Поэтому версия с крестильным именем Афанасий выглядит гораздо правдоподобнее.

Географически фамилия Яфонкин тяготеет к центральным и поволжским регионам России. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от разговорных форм имён, которые не вошли в церковный календарь в таком виде. Социально носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мещан, поскольку в дворянской среде предпочитали книжные, полные формы имени.

Если сопоставить Яфонкина с однокоренными фамилиями — Афонькин, Афонин, Ефонин, Фонькин, — то видно, как один корень (Афанасий) разошёлся по разным говорам и написаниям. Яфонкин — самая редкая и фонетически причудливая ветвь этого большого гнезда.