Фамилия Яфанкин — одна из тех, где основа звучит не по-славянски, а суффикс — абсолютно русский. Это сразу указывает на то, что перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища, которое принесли в русскую среду извне. Скорее всего, корень здесь восходит к личному имени Яфан или Яфаня.

Самая вероятная версия связывает Яфанкина с тюркскими или, шире, восточными корнями. В тюркских языках есть имя Яфан, которое могло быть вариантом имени Яфет (одного из библейских сыновей Ноя) или же иметь местное, доисламское происхождение. В любом случае, имя было неканоническим, то есть не входило в православные святцы, а значит, его носитель мог быть выходцем из татарской, башкирской или другой тюркоязычной среды, принявшим православие. При крещении имя могло сохраниться в качестве мирского, нецерковного, а позже дало фамилию.

Суффикс -ин указывает на модель «чей?»: Яфанкин — сын Яфанки. Уменьшительная форма Яфанка (с характерным для русского языка окончанием -ка) как раз и показывает, что имя адаптировалось в русской речи: долгое и чужое Яфан превратилось в короткое и привычное Яфанка. Такой переход типичен для XVI–XVII веков, когда в Поволжье и Приуралье активно шёл процесс обрусения нерусских фамилий.

Менее вероятно, но нельзя исключать и связь с местным прозвищем. В некоторых говорах «яфан» могло означать что-то вроде «разиня» или «простофиля» — слово, возможно, заимствованное из того же тюркского источника, но уже в переносном смысле. Однако для фамилии такая версия слабее: обычно прозвища с явно отрицательной окраской реже становились основами фамилий, особенно если у семьи был другой социальный статус.

Географически фамилия Яфанкин тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и землям, где смешивались русские и тюркские народы: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, Самарская область. Встречается она нечасто, что подтверждает её узколокальное происхождение от конкретного рода. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми (например, толмачами или казаками), которые сохранили память о своём предке с необычным для русских ушей именем.