Основой фамилии Яфанова послужило церковное имя Яфан. Фамилия Яфанова восходит к мужскому сербско-македонскому имени Яфан (Иован), которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос верующим человеком. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яфан, со временем получил фамилию Яфанова.