Фамилия Яфарова — женская форма мужской фамилии Яфаров, и её корни ведут в тюркскую языковую среду, скорее всего, в татарскую или башкирскую. Основа фамилии — личное имя Яфар, которое представляет собой вариант арабского имени Джафар (в арабской графике جعفر). В исламской традиции это имя носил один из сподвижников пророка Мухаммеда, а также четвёртый шиитский имам Джафар ас-Садик, поэтому оно широко распространено среди мусульманских народов. На тюркской почве начальный «дж» перешёл в «й», что дало форму Яфар — так имя закрепилось у татар, башкир и некоторых других народов Поволжья и Приуралья.

Словообразовательная модель проста: к основе Яфар добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркских фамилиях выполняет ту же функцию, что и в русских — указывает на принадлежность к роду. Буквальное значение: «потомок Яфара». Суффикс -а в женском варианте — стандартное окончание для фамилий этого типа в русском языке.

Географически фамилия Яфаров (и, соответственно, Яфарова) чаще всего встречается в Республике Татарстан, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически компактно живут татары и башкиры. Встречаются отдельные ветви и у азербайджанцев, но там имя чаще сохраняет исходную форму Джафар, а фамилия образуется с суффиксом -ли или -заде.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна. Среди татар и башкир фамилии на -ов в XVIII–XIX веках получали в основном представители служилого сословия, купечества и духовенства, а также крещёные татары, переходившие в православие. Однако Яфаровы могли быть и простыми крестьянами — фамилия фиксируется в метрических книгах мечетей, где записывали всех прихожан, независимо от статуса.

Особенность написания: в русских документах фамилию могли записывать через «ё» (Яфёрова) или с двойной «ф» (Яффарова), но нормативная форма — через одну «ф» и «а» в корне. Встречается также вариант Яфяров, но он редок и считается диалектным.