Фамилия Яфаркина — редкий пример, где основа не славянская, а тюркская или арабская, а суффикс — русский. В центре фамилии лежит имя Яфар (или Джафар), которое восходит к арабскому Джафар — «ручей», «источник», «большая река». В исламской традиции это имя одного из сподвижников пророка Мухаммеда, а также шестого шиитского имама Джафара ас-Садика. У татар, башкир и других тюркских народов имя закрепилось в формах Жәфәр, Яфар.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Яфарка — так в быту могли называть дочь или жену человека по имени Яфар. Форма Яфаркин (а Яфаркина — женский вариант) образована по той же модели, что и Петькин, Ванькин, Васькин. В русской ономастике такие фамилии с суффиксом -ин/-ын обычно возникали в среде, где было принято называть человека по отцу или мужу в уменьшительной форме: не Яфаров, а именно Яфарка, то есть «маленький Яфар» или «Яфар, свой, домашний».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам с давним татарским и башкирским населением, где русские суффиксы накладывались на местные имена. Встречается также в среде казанских татар и мишарей. В дореволюционных записях Яфаркины могли числиться как государственные крестьяне или мещане — сословия, где фамилии закрепились позже, чем у дворян, и часто фиксировались по имени главы семьи.

Отдельно стоит сказать о написании. Вариант Яфаркина (с буквой «ф» и без смягчения) указывает на то, что исходное имя произносили твёрдо: Яфар, а не Яфер. В некоторых говорах и документах XIX века встречается написание Япаркин — с закономерным переходом «ф» в «п» (как в фамилии Япаров от того же корня). Это не ошибка, а диалектная черта: тюркское «ф» в русской среде часто заменялось на «п» или «х».

Таким образом, Яфаркина — фамилия, которая буквально означает «принадлежащая Яфарке», то есть потомку или домочадцу человека по имени Яфар. Она не говорит о профессии или прозвище, а привязана к личному имени, и её редкость объясняется тем, что имя Джафар в русском обиходе встречалось нечасто и в основном в смешанной среде.