Фамилия Яфаркин — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание непривычным для русского уха корнем. Она образована с помощью типичного русского суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Яфаркин, то есть сын или потомок Яфарки. Основа здесь — личное имя или прозвище Яфарка, а оно, в свою очередь, восходит к арабскому имени Яфар (или Джафар), что значит «ручей», «ключ», «источник». В тюркских языках, через которые это имя часто попадало в русскую среду, звучание могло меняться: Джафар превращался в Яфар, а уменьшительная форма с русским суффиксом -ка давала Яфарка.

Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья, где были распространены мусульманские имена. Фамилия Яфаркин фиксируется преимущественно в восточных регионах европейской России — в Оренбургской, Самарской, Челябинской областях, а также в Башкортостане и Татарстане. Это не случайно: именно там в XVIII–XIX веках активно шёл процесс христианизации и русификации местного населения, когда к тюркскому или арабскому имени добавляли русский патронимический суффикс.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с ударением на втором слоге — Яфа́ркин, хотя в некоторых говорах встречается вариант Яфа́ркин с ударением на первом. Встречается и написание через «и» — Ефаркин, что связано с диалектным «яканьем» или просто с ошибками писцов. С точки зрения социальной истории, предки носителей этой фамилии скорее всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками, но не дворянами: фамилии на -ин от имён на -а (-я) в дворянской среде почти не встречаются.

Если сравнивать с однокоренными, то Яфаркин стоит в одном ряду с более распространёнными Джафаровым, Яфаровым и редким Яфаркиным, который, по сути, тот же самый, но с другим суффиксом. Судьба фамилии небогата громкими именами: в открытых источниках нет известных деятелей науки или искусства с такой фамилией, что только подтверждает её народное, крестьянское происхождение.